Gölün en derin yeri orta ve güney kesimlerindedir ve 6 m kadardır. Göl tabanı oldukça düzdür. Doğudaki ve kuzeydeki derelere yaklaşıldıkça derinlik daha çabuk azalır. Gölün derin merkezi kısmı açık gri renkli çamurlarla kaplıdır. Gölün çevresinde 2 m’den sığ kesimler 

tamamen su bitkileri ile kaplıdır. Akarsu ağızlarına doğru mil ve kumlara geçilir. Gölü besleyen derelerle gölün aşağısındaki vadide pek çakıl ve kum birikmediği anlaşılıyor. Yani gölde biriken çamurlar heyelan öncesinden kalma değildir; heyelanla göl oluştuktan sonra birikmişlerdir. Biriken çamur kalınlığını anlamak için su içinde sondaj yapılabilir, ya da daha basit olarak topoğrafik profiler çıkarılabilir (şekle bakınız). Buna göre göl içinde 50 m kadar çamur birikmiştir. Bunun için epey zaman gerekir. Tıpkı yakındaki Sünnet gölü gibi Çubuk gölü de epey yaşlı bir göldür (yaş için sonraki bölümlere bakınız).

Geçmiş İklimlerin Belirlenmesinde Bir Olanak

Eski jeolojik devirlerdeki iklimlerin incelenmesi bugün insanlık açısından son derece önemlidir. Çünkü son 200 yılda karşılaştığımız sıcaklık artışının sanayileşme yüzünden mi yoksa Dünya’nın kendi dinamiği yüzünden mi oluştuğunun anlaşılması gerekiyor. Böylece insanlığı bekleyen akibeti iyi öngörebilmek için Dünya tarihinde benzer iklim değişimlerinin nasıl ve neden ortaya çıktığı, ne kadar sürdüğü anlaşılabilecektir. Bunun için denizlerde, mağaralarda, göllerde biriken çökellerden yararlanılıyor. Araştırma Grubumuz Çubuk gölünde de bu türden çalışmalar gerçekleştirdi.